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Por un lado, es posible que la razon no sea determinable, ya que cada uno tenia sus razones para hacerlo.
Kira, como el dijo, queria ser el Dios del Nuevo Mundo, al decir Nuevo Mundo, significa que consiguiente a su victoria, tenia pensado cambiar el sistema mundial, y no era una idea descabellada debido al poder que tenia, asi que practicamente hubiera sido considerado un Dios y hubiera regido el mundo por un buen tiempo.
L era el bueno realmente, o por lo menos eso nos quisieron hacer ver, por las actitudes de Kira que eran mas macabras y L parecía mas cuerdo.
Asi que la posicion de L en este caso es la de la justicia, ya que trató de impedir los planes de Kira, y conservar el sistema justo como está, ya que él dimensionaba el poder de Kira y lo que era capaz de hacer.