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La anatomía comparada es la disciplina encargada del estudio de las semejanzas y diferencias en la anatomía de los organismos. La anatomía comparada forma parte nuclear de la Morfología descriptiva y es fundamental para la filogenia
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La primera investigación anatómica que se hizo de forma independiente de un procedimiento quirúrgico o médico está asociada por los primeros comentaristas con Alcmeón de Crotona (siglo VI a. C.).1 Los fundamentos de la anatomía comparada fueron establecidos por Aristóteles y desde el siglo IV a. C. hasta el siglo XV, se describieron un buen número significativo de embriones animales.
Los primeros estudios documentados basados en la comparación de las estructuras anatómicas de los diversos vertebrados se remontan a Leonardo da Vinci, quien en el Codice Atlantico (datable entre 1478 y 1518), en el Codice sul volo degli uccelli (datable alrededor de 1505) y en las Fogli di Windsor (también datable entre 1478 y 1518) diseñó, analizó y comparó detalles anatómicos de varios vertebrados, incluido el hombre. Leonardo también tomó notas para un tratado anatómico planificado en el que tenía la intención de comparar las manos de varios animales, incluidos los osos.2
Pierre Belon (1517‑1564), un médico y naturalista francés, realizó una investigación y sostuvo discusiones sobre embriones de delfines, así como las comparaciones entre los esqueletos de pájaros y los esqueletos de humanos.3 En 1555, publicó en París el libro Histoire de la nature des Oyseaux avec leur description et naif portraicts retirés au naturel, en el que apareció uno de los primeros ejemplos de comparación entre estructuras anatómicas (en este caso, el aparato esquelético) de diferentes animales, un pájaro y un hombre. El autor también trató de establecer «equivalenze» entre los elementos individuales de la estructura, equiparando, por ejemplo, los brazos y las manos del hombre con los de otros vertebrados (por ejemplo, con el murciélago que tiene dos manos recubiertas con una capa cartílaginosa). Su investigación sentó las bases de lo que será la anatomía comparativa moderna.
El descubrimiento del microscopio fue fundamental, tanto para la histología como para la anatomía comparada de los animales. Edward Tyson (1650-1708), médico y anatomista inglés, es considerado como el fundador de la anatomía comparativa moderna. Se le atribuye la determinación de que las ballenas y los delfines son, de hecho, mamíferos. Además, concluyó que los chimpancés son más similares a los humanos que a los monos debido a sus brazos. Marco Aurelio Severino también comparó varios animales, incluidas aves, en su Zootomia democritaea, uno de los primeros trabajos de anatomía comparada.
La consagración de la Anatomía comparada como disciplina autónoma, sin embargo, tuvo lugar con Georges Cuvier (1769-1832) hacia fines del siglo XVIII, también siguiendo la nueva visión, madurada en el Renacimiento, del hombre como animal entre los animales. Esa visión había atraído una nueva atención a la ciencia, y a la zoología en particular, haciendo que florecieran nuevas disciplinas de investigación. Cuvier, considerado por unanimidad el padre de la anatomía comparada, resumió los materiales acumulados en una monografía de cinco volúmenes Leçons d'anatomie comparée, publicada en 1800-1805. También fue el primero en establecer nexos entre la anatomia y la paleontología: primero planteó la hipótesis de las «extinciones en masa» y apoyó el concepto de «invariabilidad» de la especie.
En su nacimiento, la anatomía comparada tuvo en cuenta todo el reino animal, con sus dos grandes grupos: los vertebrados (subfilo de los cordados) y los invertebrados (literalmente, todos los «no vertebrados»). Siguiendo el desarrollo del conocimiento y con la afirmación del enfoque evolutivo, de hecho, esta disciplina ha restringido su campo de investigación solo al mundo de los vertebrados (Agnati, peces cartilaginosos y espinosos, anfibios, reptiles, aves y mamíferos), poniendo mayor atención a la comparación entre los animales actuales y los fósiles y dejando a la propia zoología el estudio y la descripción sistemática de todo el reino animal. Un ejemplo de un anatomista comparativo del siglo XX es Victor Negus, quien trabajó en la estructura y evolución de la laringe. Hasta el advenimiento de las técnicas genéticas como la secuenciación del ADN, la anatomía comparada junto con la embriología fueron las herramientas principales para comprender la filogenia, como muestra el trabajo de Alfred Romer (1894-1973).