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El Perú se encuentra entre los 10 países megadiversos que concentra el 70% de la biodiversidad del planeta en ecosistemas, especies, recursos genéticos y diversidad cultural; siendo centro de origen y diversificación de importancia mundial de especies agrícolas como el tomate, papa, camote, ají, algodón, frijol y zapallo, entre otros. Se estima que el Perú posee aproximadamente 17 mil especies de plantas, de las cuales 5.356 son endémicas. Esta gran biodiversidad nativa y de parientes silvestres va acompañada por el manejo tradicional de los agricultores para conservar en su sitio a esta agrobiodiversidad.
Por sus características geográficas, ecológicas y culturales, una posible liberación de cultivos transgénicos en el Perú conduciría a severos riesgos de contaminación genética de las variedades locales y parientes silvestres a través del flujo genético, resultando en el desplazamiento y pérdida de las variedades locales en los sistemas productivos y de los conocimientos tradicionales ligados a ellas. Por otro lado, la liberación de cultivos transgénicos en el Perú afectaría la agro exportación de productos convencionales y orgánicos.