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Juan José Paso participó en la Revolución de Mayo y se destacó en el cabildo abierto del 22 de mayo de 1810, pronunciándose por la remoción del virrey Baltasar Hidalgo de Cisneros.
Respondió al planteo del fiscal Manuel Genaro Villota, que argumentaba que se debía esperar el pronunciamiento de las demás ciudades, con el argumento de que Buenos Aires tomaría las decisiones en representación de las demás en defensa del interés de todos y que inmediatamente después, las demás ciudades deberían ser convocadas para expresarse sobre todo lo actuado. Dicho argumento fue denominado por los historiadores como la tesis de la "hermana mayor".
De esa forma, Buenos Aires procedió a remover de su cargo al virrey al tiempo que convocaba a diputados de las demás ciudades del virreinato. Al finalizar el cabildo abierto la fórmula de Paso alcanzó los 20 votos, que sumados a las de Juan Nepomuceno Solá, Pascual Ruiz Huidobro, Cornelio Saavedra y Castelli reunieron 155 votos a favor de destituir al virrey contra 69 que respaldaban su permanencia en el cargo.
El 25 de mayo fue nombrado secretario de hacienda de la Primera Junta. Allí acompañó la mayor parte de las propuestas del otro secretario, Mariano Moreno. El 12 de junio de 1810 cruzó a Montevideo para explicar la posición de la Junta a las autoridades de la ciudad, pero fue expulsado y enviado de vuelta a Buenos Aires, comunicándole por su medio a la Junta que era desconocida en Montevideo, "hasta tanto reconozca la soberanía del Consejo de Regencia que ha jurado este pueblo obedecer".
Paso y Moreno fueron los únicos que se opusieron a la incorporación de los diputados del interior a la Junta, pero después de la partida de Moreno se alineó con el presidente de ésta, Cornelio Saavedra. Junto con este y Domingo Matheu, fueron los únicos miembros de la Primera Junta que permanecieron en la Junta Grande después de la Revolución del 5 y 6 de abril de 1811.
En septiembre de 1811 integró la diputación que firmó en Montevideo el armisticio con el virrey Francisco Javier de Elío, por la que toda la Banda Oriental quedaba para el gobierno de Montevideo.