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Diderot no era un pensador coherente y sistemático, sino más bien un filósofo en el que todas las contradicciones del tiempo luchan entre sí. Era un representante de los cambios intelectuales que estaban teniendo lugar durante la Ilustración francesa. Durante su carrera de escritor, Diderot pasó de ser un devoto católico romano al deísmo y finalmente al ateísmo y el materialismo filosófico.
Experimentó una reacción a la moral impuesta por la Iglesia Católica Romana, creyendo que los dogmas religiosos interferían con el desarrollo natural y orgánico de las pasiones humanas, y contribuyó con muchas de las páginas más declamatorias del Système de la nature, una obra atea de su amigo Paul Henri Thiry, barón d’Holbach.
En las ideas principales de Diderot se puede observar que, él proclamó que el cristianismo era moralmente dañino para aquellos que creían en él, y una amenaza para las sociedades que aún no habían sido introducidas en él. Diderot creía que la mejora moral de la humanidad daría lugar directamente al progreso de la civilización.
También exploró la conexión entre la biología y la cultura humana, y entre la cultura y la moral, sentando las bases para nuevos desarrollos en las ciencias sociales. En las ideas de Diderot abrazó el materialismo científico de la Ilustración. Había traducido algunos de los escritos de John Locke y estaba de acuerdo con su énfasis en la observación y la experimentación sobre la especulación abstracta.