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Después de las últimas modificaciones hechas en el Congreso Internacional de Micología de 1994, los hongos generalmente se clasifican en cuatro divisiones: Chytridiomycota (quitridios), Zygomycota (mohos de pan), Ascomycota (levaduras y hongos de saco) y Basidiomycota (hongos superiores
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Según su ecología, se pueden clasificar en cuatro grupos: saprofitos, liquenizados, micorrizógenos y parásitos.
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