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Los hongos superiores se pueden agrupar en tres clasesAscomicetos. En ellos las esporas sexuales (ascosporas) se
encuentran en el interior de una bolsa o asca. Son ejemplos de ascomicetos la
levadura S. cerevissiae, los hongos filamentosos Neurospora, y hongos
comestibles como las trufas. Son el grupo de hongos más abundante.Basidiomicetos. En ellos las esporas sexuales (basidiosporas) se
encuentran en el exterior de unas estructuras com forma de maza denominadas basidios.
Pertenecen a este grupo levaduras como el patógeno humano Cryptococcus neoformans que
produce meningitis en pacientes inmunodeprimidos, el patógeno vegetal Ustilago maydis
que produce tumores en los granos del maíz, hongos superiores con cuerpos fructiferos
complejos (setas) tales como el champiñón (Agaricus bisporus) y la seta de
chopo (Pleurotus ostreatus), etc.Deuteromicetos. Tradicionalmente se conocían como hongos imperfectos
porque en ellos no se había podido encontrar la forma sexual y, por consiguiente, no se
sabe si producen ascosporas o basidiosporas. Actualmente y mediante el uso de técnicas de
análisi del ADN se ha podido determinar que la mayoría de ellos pertenecen al grupo de
los ascomicetos y, por alguna razón, han perdido la posibilidad de realizar la
reproducción sexual. Alguno de los hongos más importantes en microbiología industrial
son deuteromicetos: Penicillium productor de la penicilina, Aspergillus
productor de ácido cítrico y de lovastatina; también se encuentran en este grupo hongos
patógenos vegetales como Trichoderma y Verticillium, y hongos
patógenos oportunistas animales tales como Candida albicans
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