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Aunque el sistema de Carlos Linneo era firme, la expansión de conocimiento ha dado lugar a una expansión del número de niveles jerárquicos, incrementando los requerimientos administrativos del sistema, aunque permanece, es el único sistema de clasificación básica que actualmente cuenta con la aprobación científica universal. Entre las subdivisiones posteriores, han surgido entidades como superclases, super, sub e infraórdenes, super y subfamilias, tribus y subtribus. Muchas de estas jerarquías adicionales suelen surgir en el estudio de disciplinas como la entomología, que requiere clasificar nuevas especies. Cualquier campo biológico que estudie las especies está sujeto a la clasificación taxonómica linneana, y en extensión, a sus rangos jerárquicos, particularmente si se lleva a cabo la integración de organismos vivientes con especies fósiles. Será conveniente entonces aplicar herramientas más novedosas de clasificación, como la cladista.
Tras el rango de especie, se pueden dar también subrangos, tales como subespecie y raza en animales, y variedad y forma en botánica, aunque en ésta última disciplina, el términosubespecie también es utilizado.
La forma de entender las relaciones entre los seres vivos ha cambiado. Linneo solo pudo basarse en su clasificación a partir de estructuras externas, y se reflejaban las relaciones entre organismos según parecidos anatómicos. Cuando se acogió el concepto de evolución como mecanismo de diversidad biológica y formación de especies, fue cuando se dio un gran cambio. Desde entonces, en la clasificación linneana se reflejará la filogenia de cada especie, de forma que cada taxón incluye al antecesor y a todos sus descendientes. Esto es un taxónmonofilético. También surgieron las ideas de taxa parafiléticos (donde se incluye al antecesor y sus descendientes, pero hay algunas especies excluidas; algunos casos como el de los reptiles y las aves, están aceptados) y polifiléticos, que actualmente no se consideran aceptables.
Originalmente, Linneo estableció tres reinos: Vegetabilia, Animalia y un grupo adicional para minerales, que fue pronto abandonado. Desde entonces, varias formas de vida han sido movidas de un reino a otro. Después se produjo una reorganización en cuatro reinos, al diferenciar los hongos de las plantas, y después de que Leeuwenhoek descubriera los microorganismos. Se conformaron los reinos Animalia, Plantae, Fungi y Protoctista. Tras el uso del microscopio electrónico, Whittaker propuso el sistema de cinco reinos, separando el reinoMonera de los protistas. Este sistema permaneció mucho tiempo, y estuvo muy arraigado, hasta el descubrimiento de las arqueas y los estudios de genómica con el gen codificante para el ARNr-16s. Ahora, se consideran seis reinos en tres dominios, dos procariontes y uno eucarionte: Archaea, que incluye a todas las arqueas, Bacteria, que incluye al reino antiguamente llamado monera, y los cuatro reinos de Eukarya.