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Salaverry cursó estudios en el Colegio de San Carlos de Lima. Cuando el general José de San Martín llegó al Perú en 1820, Salaverry dejó la universidad, a pesar de la oposición de su padre, y se dirigió a la provincia de Huaura, donde se alistó como voluntario para unirse a las fuerzas del general. Se integró como cadete en el batallón Numancia, con el cual tomó parte en las campañas militares contra los realistas. Tras el establecimiento de la República del Perú, Salaverry ascendió rápidamente en el escalafón del Ejército; con veintiocho años de edad era ya general.
Cuando la guarnición de El Callao se sublevó en enero de 1835 contra el entonces presidente Luis José de Orbegoso, Salaverry derrotó a los insurgentes, y el presidente Orbegoso le nombró gobernador de la fortaleza. Pero el 23 de febrero, Salaverry se levantó en armas contra el gobierno. Después de que Orbegoso abandonara Lima, Salaverry ocupó la capital y se proclamó Jefe Supremo de la República. En pocos meses se hizo con el control del sur del país, mientras Orbegoso se retiraba con una pequeña fuerza a las provincias del norte.
Orbegoso buscó entonces la ayuda de Andrés de Santa Cruz, por entonces presidente de Bolivia, con quien firmó un acuerdo (que contempló también la futura creación de la Confederación Peruanoboliviana) Poco después, el ejército boliviano invadió Perú y Salaverry se retiró a la ciudad de Arequipa. El 7 de febrero de 1836, sus fuerzas fueron derrotadas totalmente en Socabaya, un distrito de la ciudad arequipeña. Después de vagar durante varios días, Salaverry se rindió al general Miller, quien lo entregó a Santa Cruz. Contrariamente a las costumbres de la guerra contra los enemigos que se rinden, Santa Cruz ordenó la ejecución de Salaverry. Esto espoleó la resistencia popular contra Andrés de Santa Cruz y Orbegoso, y a la postre a la definitiva derrota de la Confederación Peruanoboliviana liderada por Andrés de Santa Cruz.
Desde entonces participó con arrojo en varias campañas independentistas. Estuvo en el Sitio del Callao (julio de 1821), las batallas de Torata y Moquegua (19 y 21 de enero de 1823), la batalla se Zepita (25 de agosto de 1823), la batalla de Junín (6 de agosto de 1824) y la batalla de Ayacucho (9 de diciembre de 1824). También acompañó a Antonio José de Sucre en la Independencia del Alto Perú (1825).
En 1829, Salaverry asistió a la Guerra contra Gran Colombia. En 1831, el presidente Agustín Gamarra lo nombró Subrprefecto de Tacna, pero en 1833 lo acusó de conspirador. Salaverry se alzó en armas, pero fue derrotado y apresado. Muy pronto, logró que sus custodios lo liberen y se unió a las fuerzas del nuevo presidente Luis José de Orbegoso. Después de ayudar a derrotar la rebelión de Pedro Pablo Bermúdez, fue ascendido a general.
El 22 de febrero de 1835, aprovechando que el presidente Orbegoso hacía campaña en el sur, Salaverry se sublevó en la fortaleza del Real Felipe (Callao). El 25 de febrero tomó Palacio de Gobierno y se autoproclamó Jefe Supremo de la República. Orbegoso pidió ayuda a Andrés de Santa Cruz, presidente de Bolivia, quien ingresó al Perú con 5000 soldados. Salaverry declaró la guerra a muerte a los bolivianos y sus aliados peruanos.
Después de lograr algunas victorias, Salaverry fue derrotado en la batalla de Socabaya el 7 de febrero de 1836. Fue capturado y llevado ante un tribunal que le declaró culpable de crímenes de guerra y lo condenó a muerte. Salaverry murió fusilado el 18 de febrero de 1836, en la Plaza de Armas de Arequipa.