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La pérdida y deterioro de los hábitats es la principal causa de pérdida de biodiversidad. Al transformar selvas, bosques, matorrales, pastizales, manglares, lagunas, y arrecifes en campos agrícolas, ganaderos, granjas camaroneras, presas, carreteras y zonas urbanas destruimos el hábitat de miles de especies
Sobre-explotación del medio natural. El uso descontrolado de los recursos naturales. El ser humano extrae estos recursos por encima de la capacidad natural de un ecosistema determinado para regenerarse.
Pérdida de los hábitats de las especies. La destrucción o modificación de los hábitats naturales para suplir las necesidades humanas ponen en peligro a las especies que los habitan. La deforestación, la transformación de selvas y bosques o el drenaje de humedales son algunas de las prácticas más extendidas en cuanto a la reducción parcial o completa de un ecosistema.
Contaminación del medio ambiente. La presencia de agentes contaminantes en el agua, en el aire y en el suelo produce una alteración nociva en todos los ecosistemas. Aunque la contaminación tiene causas naturales, las más graves proceden de la actividad humana. La contaminación es una de las causas de pérdida de biodiversidad en mayor extensión.
Introducción de especies exóticas invasoras. Las especies invasoras son aquellas que producen cambios en los ecosistemas a los que llegan al desplazar a las especies que se encontraban allí de manera natural. Las especies que deben marcharse pueden llegar a morir y extinguirse. La introducción de estas especies puede ser voluntaria o involuntaria, y ha crecido en los últimos años.
Efectos del cambio climático. Según avanzan los efectos del cambio climático, puede convertirse en la causa principal de esta pérdida de biodiversidad. Las alteraciones que está produciendo en todos los ecosistemas del planeta ocasionan que muchas especies no puedan sobrevivir al no poder adaptarse a las nuevas condiciones climáticas. Esto provoca un incremento de las especies amenazadas
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