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Salinización. La sobreexplotación de las fuentes de abasto en las zonas costeras permite la intrusión del agua salada. El riego exacerba los problemas de la salinidad, que, naturalmente, son más agudos en las áreas áridas y semiáridas, donde la evaporación superficial es más rápida y los suelos, más salinos. La saturación concentra las sales absorbidas de los niveles más bajos del perfil del suelo, en la zona de arraigamiento de las plantas. La alcalinización (acumulación de sodio en los suelos) es una forma, especialmente perjudicial de salinización que es difícil de corregir. Aunque los suelos de las zonas áridas y semiáridas tienen una tendencia natural de sufrir salinización, muchos de los problemas relacionados con el suelo podrían ser atenuados si se instalan sistemas adecuados de drenaje.
Plagas y enfermedades de las plantas. Generalmente en la temporada seca se produce la muerte natural de muchos organismos que producen plagas y enfermedades agrícolas. Al alterarse este régimen con el riego se incrementan los riesgos de proliferación de estos organismos en cualquier época del año.
Enfermedades. Se produce una incidencia de enfermedades transmitidas o relacionadas con el traslado del agua. La reducción del flujo básico de un río disminuye también la dilución de las aguas servidas municipales e industriales que se introducen, aguas abajo, causando contaminación y peligros para la salud. La introducción del sistema de riego se asocia con un aumento, a veces extraordinario, en las enfermedades relacionadas con el agua. Las enfermedades que se vinculan, más frecuentemente, con el riego son esquistosomiasis, malaria y oncocerciasis, cuyos vectores proliferan en las aguas de riego. Otros riesgos para la salud que se relacionan con el riego incluyen los que están vinculados al mayor uso de agroquímicos, el deterioro de la calidad del agua, y la mayor presión de la población en el área. La reutilización de aguas negras para riego puede transmitir las enfermedades contagiosas (principalmente las enfermedades helmínticas y, en un grado menor, las enfermedades bacterianas y virales).
Microclima. En los terrenos bajo irrigación se crea un microclima más húmedo, que contribuye a la proliferación de hongos y otros organismos patógenos.
Erosión. Un manejo inadecuado del agua o el uso de sistemas de riego superficial produce la erosión de las capas superficiales del suelo, que son precisamente las que contienen la materia orgánica necesaria para el desarrollo de las plantas.
Compactación. El riego, especialmente en los sistemas por aspersión, produce compactación de las capas superficiales del suelo debido a la presión que ejercen las gotas de agua al caer y al reajuste de las partículas de tierra.
Contaminación. El agua de riego puede contaminar el agua superficial y subterránea con los productos químicos agrícolas, industriales o desechos urbanos o de la ganadería, por el arrastre de estos y su infiltración en el subsuelo.
Calidad del agua. El sobreuso de las fuentes de abasto causa la disminución de la calidad del agua disponible. El deterioro en la calidad del agua, debido a un proyecto de riego, puede volverla inservible para los otros usuarios y perjudicar las especies acuáticas.
Malezas. Las aguas transportan semillas y plantas indeseables que producen la proliferación de malezas y la eutrofización, o sea, el incremento de sustancias nutritivas en aguas dulces de lagos y embalses, que provoca un exceso de fitoplancton en los canales de riego y vías acuáticas, aguas abajo.
Saturación. La saturación del suelo es causada, principalmente por el drenaje inadecuado y el riego excesivo, y, en un grado menor, por fugas de los canales y otras obras hidráulicas.
Cambios hidrológicos. Los grandes proyectos de riego que incluyen represar y desviar las aguas de los ríos, causan importantes trastornos ambientales como resultado de los cambios en la hidrología de las cuencas.
Problemas sociales. Las grandes obras hidráulicas (embalses, canales, sistemas de riego) traen como consecuencia el necesario reasentamiento de poblaciones y el cambio de los estilos de vida de las poblaciones locales. Se modifica el uso de la tierra y la ecología de la zona aluvial. Se producen reducciones del caudal que disponían los campesinos en algunos lugares y se introducen daños para la salud.