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El nivel trófico no puede traducirse de manera sencilla a términos como herbívoro o depredador. Por ejemplo, la oveja es un consumidor primario, dado que es herbívora, se alimenta de plantas (productores primarios). Ser un depredador, como lo es un lobo cuando se alimenta de ovejas, no es la única manera de ser un consumidor secundario. También son consumidores secundarios, por ejemplo, las moscas parásitas de la especie Oestrus ovis, que se alimentan durante sus fases larvarias dentro de la cabeza de las ovejas, a donde han llegado desde las fosas nasales; e igualmente son consumidoras secundarias aquellas polillas de la familia tineidos que se alimentan del pelo de las ovejas. En resumen, todo organismo que obtiene sus nutrientes y energía de un consumidor primario es por ello, cualquiera que sea la forma en que los obtenga, un consumidor secundario.
Los consumidores obtienen frecuentemente su alimento de más de un nivel trófico. P. ej., cuando un sapo común europeo busca alimento tiende a atacar a cualquier cosa que se mueva y parezca tener un tamaño adecuado; consume pues animales pequeños de ecologías muy variadas, entre los que habrá insectos herbívoros, como los saltamontes, insectos carnívoros, como las mantis, caracoles terrestres, que son herbívoros, o lombrices de tierra, que son detritívoras. Cuando ocurre esto deja de ser fácil precisar el nivel trófico, que se definirá en función del alimento predominante; y cuando este criterio no baste, del nivel más alto de los de sus presas. Una complicación añadida es que las poblaciones de animales omnívoros, o de los simplemente polífagos, se especializan a menudo en distintos alimentos en distintos territorios, o en distintas épocas del año. Por ejemplo los mismos osos pardos de Alaska que capturan salmones durante su migración, se alimentan el resto de su período de actividad principalmente de alimentos vegetales.
Los animales ocupan con frecuencia distintos nichos ecológicos y se alimentan de manera diferente en las distintas etapas de su desarrollo, sobre todo cuando hay desarrollo indirecto. En algunos casos esto no afecta al nivel trófico; por ejemplo en las mariposas, donde tanto los adultos, que liban néctar, como las larvas, que suelen ser comedoras de hojas, actúan como consumidores primarios. No es el caso de los anuros (ranas y sapos), cuyas larvas, los renacuajos, suelen ser herbívoras, consumidoras de algas, mientras que los adultos son depredadores, cazan animales. Un caso inverso es el de las moscas de las flores de la familia sírfidos, cuyos adultos consumen néctar y polen mientras que sus larvas suelen ser depredadoras. En casos como estos el mismo animal cambia de nivel trófico en el curso de su desarrollo.