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Mariátegui nació en Moquegua, en el seno de una familia humilde. Sus padres fueron María Amalia La Chira Ballejos y Francisco Javier Mariátegui Requejo. Entre sus antepasados se contaba el ilustre pensador liberal Francisco Javier Mariátegui y Tellería. Tuvo dos hermanos: Guillermina y Julio César Mariátegui.
En 1899 se trasladó con su madre y sus hermanos a Huacho y en 1902, tras un accidente en la escuela, fue internado en la clínica Maison de Santé de Lima. Su convalecencia fue larga y quedó con una anquilosis en la pierna izquierda que lo acompañaría el resto de su vida. Por haber quedado inhabilitado para las recreaciones propias de su edad, frecuentó desde entonces la lectura y la reflexión
En 1909, ingresó al diario La Prensa para realizar tareas auxiliares, primero como alcanzarrejones (portapliegos) y luego como ayudante de linotipista. A pesar de no haber culminado sus estudios escolares, llegó a formarse en periodismo y empezó a trabajar como articulista, primero en La Prensa (1914-16) y luego en el diario El Tiempo (1916-19), al mismo tiempo que colaboraba en las revistas Mundo Limeño,Lulú, El Turf y Colónida. Usando el seudónimo de Juan Croniqueur ironizó la frivolidad limeña y exhibió una vasta cultura autodidacta, que lo aproximó a los núcleos intelectuales y artísticos de vanguardia. Se hizo amigo del escritor Abraham Valdelomar con quien formó un dúo diletante cuyos duelos de ingenio eran reproducidos por ellos mismos en sus crónicas. Por esa época (llamada luego despectivamente por él mismo como su “edad de piedra”) cultivó con entusiasmo la poesía pero nunca publicó su anunciado poemario titulado Tristeza.
César Falcón, José Carlos Mariátegui yFélix del Valle, en una playa de Lima. 1918.En 1918 sus intereses viraron hacia los problemas sociales. Fundó con el periodista César Falcón la revista Nuestra Época, desde donde criticó el militarismo y la política tradicional pero de la que solo salieron dos números. En 1919 e igualmente en colaboración con Falcón fundó el diario La Razón, desde donde apoyó la reforma universitaria y las luchas obreras. Dicho diario tampoco tuvo larga vida y fue clausurado por el gobierno del presidente Augusto B. Leguía, oficialmente por haberse expresado despectivamente de los miembros del parlamento, aunque lo más probable fuera por los crecientes reclamos populares que alentaba desde sus páginas.