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1. Aparición de nuevas alergias por introducción de nuevas proteínas en los alimentos. En EEUU, en el conocido caso del Maíz Starlink (2000) se encontraron en la cadena alimentaria trazas de un maíz transgénico no autorizado para consumo humano que provocó graves problemas de reacciones alérgicas.
2. Aparición de resistencias a antibióticos en bacterias patógenas para el hombre (en algunos OMG se utilizan genes antibióticos como marcadores). Es decir, algunos transgénicos pueden transferir a las bacterias la resistencia a determinados antibióticos que se utilizan para luchar contra enfermedades tanto humanas como animales (por ejemplo, a la amoxicilina). La Asociación de Médicos Británica ha recomendado prohibir el uso de estos genes marcadores.
3. Aparición de nuevos tóxicos en los alimentos (debido a los cultivos Bt o a las proteínas que se utilizan como marcadores en los OMG).
4. Incremento de la contaminación en los alimentos por un mayor uso de productos químicos en la agricultura
5. Disminución en la capacidad de fertilidad. Según un estudio hecho público por el gobierno austriaco, la fertilidad de los ratones alimentados con maíz modificado genéticamente se vio seriamente dañada, con una descendencia menor que los ratones alimentados con maíz convencional.