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Toma de Valdivia
Artículo principal: Toma de Valdivia
Ocurrió el 3 y 4 de febrero de 1820 en el Gobierno de Valdivia
Toma de Osorno
Artículo principal: Combate de El Toro
Ocurrió el 6 de marzo de 1820 en el Gobierno de Osorno.
Conquista de Chiloé
Artículo principal: Conquista de Chiloé
Tras la victoria patriota en la batalla de Maipú (1818) y luego de la conquista de Valdivia (1820), se buscó incorporar el archipiélago de Chiloé a la naciente República de Chile. De manera transversal, la élite política chilena consideró que la permanencia de ese territorio bajo posesión española (quien lo incluía en el Virreinato del Perú) era una amenaza para la independencia, y que para consolidarla era indispensable vencer la resistencia del Gobierno de Chiloé, dirigido por el militar cántabro Antonio de Quintanilla.
El 16 de febrero de 1820, sin orden del Gobierno, la flota del marino inglés Thomas Cochrane zarpó rumbo al sur para intentar tomar el control del Archipiélago. No obstante, los chilotes resistieron la invasión y derrotaron a las tropas en el Combate de Agüi. Cuatro años más tarde, en abril de 1824 una nueva invasión buscó el mismo objetivo aunque nuevamente fracasó debido a la resistencia de las milicias chilotas al mando del coronel José Rodríguez Ballesteros, en el Combate de Mocopulli. En enero de 1826, 16 años después de la Primera Junta de Gobierno y 8 años después de la declaración de independencia de Chile, tras las batallas de Pudeto y Bellavista, el general Ramón Freire pudo acabar con la resistencia chilota y obligarlos a capitular.
El 15 de enero de 1826, con la firma del Tratado de Tantauco se selló la incorporación de este territorio a Chile.
Toma de posesión del estrecho de Magallanes y colonización de esta zona
Fuerte Bulnes, levantado en 1843.
Artículos principales: Toma de posesión del estrecho de Magallanes, Estrecho de Magallanes#Poblamiento del estrecho y Territorio de Magallanes.
Este proyecto de una colonización magallánica había estado entre las preocupaciones en los primeros gobernantes independentistas. Pero entre ellos fue Bernardo O'Higgins quien, durante su exilio en Perú, comenzó a remover el asunto, enviando diversas cartas que trataban de interesar a las autoridades chilenas en realizarlo.
Por otra parte, luego de que Argentina perdiera las islas Malvinas, se volvió una posibilidad cada vez más creíble el que el Estrecho fuera ocupado por una potencia europea, deseosa de controlar el paso entre el Pacífico y el Atlántico, que cobraba una importancia creciente gracias al desarrollo del barco de vapor.
Para lograr este objetivo se organizó una expedición y se construyó una goleta bautizada Ancud, que fue el primer barco de guerra hecho en Chile. El viaje entre la ciudad de Ancud y el estrecho de Magallanes fue accidentado y tardó 4 meses, finalmente la toma de posesión se realizó el 21 de septiembre de 1843. Posteriormente se fundó Fuerte Bulnes y, unos años más tarde, la ciudad de Punta Arenas en territorio kawésqar.
Colonización de Llanquihue
Artículo principal: Colonización de Llanquihue
Colonización de Llanquihue es el proceso histórico realizado en la zona sur de Chile desde 1846 y durante el siglo XIX para el establecimiento de colonos. Esta colonización se realizó en gran parte de las actuales regiones de Los Ríos y Los Lagos, principalmente en la zona de Valdivia y Llanquihue.
Colonización de Aysén
Artículo principal: Colonización de Aysén
Iniciada en 1859, con mayor desarrollo entre las décadas de 1900 y 1985 en territorio chono.2
Ocupación de la Araucanía
Artículo principal: Ocupación de la Araucanía
En 1861 el presidente José Joaquín Pérez Mascayano inicia la ocupación de la Araucanía (denominada en los documentos oficiales chilenos como pacificación de la Araucanía), zona que comprende los terrenos ubicados entre el río Biobío, por el norte, y Toltén por el sur. Fue un proceso de invasión militar y aculturación de los territorios mapuches autónomos por parte del estado chileno. Se prolongó hasta 1883.
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