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Marcó del Pont erró su política de gobierno al incumplir las políticas de reconciliación venidas directamente de la corte de España, como el indulto general a los patriotas del 12 de febrero de 1816. Además su estado de permanente alarma agotó los recursos empleados en la defensa del mar y la cordillera de Chile. Envió varios espías a Cuyo para que recabaran información sobre el Ejército Libertador de los Andes.
Está ampliamente demostrado que las medidas que tomó Marcó del Pont para reprimir a los insurgentes estaban ampliamente aceptadas en su día como el toque de queda o el secuestro de armas para garantizar la seguridad en la población civil.
De otro lado cumplió correctamente su papel administrador, acreditando su lealtad, posponiendo sus sueldos a las posibilidades del estado. Entre sus obras urbanísticas están la mejora del paseo de Tajamar o la Alameda, reparó el Teatro y coliseo, construyó el canal de Maipú. Se dice que todo induce a pensar que Marcó del Pont llegó a Chile con muy buenas intenciones, y podría haber sido de beneficio en un país normal, pero el estado de revolución exigía un talento, energía y experiencia de los que carecía Marcó del Pont para llevar adelante en un gobierno convulsionado. Puso precio a la cabeza de Manuel Rodríguez.