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Debido al Estado de ingobernabilidad en que se encontraba el país por la Guerra de los mil días, Los Estados Unidos de América aprovecharon la coyuntura para imponer un tratado que le concedía privilegios sobre el territorio Panameño, con el objeto de construir un canal interoceánico, dicho tratado recibió el nombre de Herrán-Hay y principalmente otorgaba a los Estados Unidos una franja de 5 Kilómetros de lado y lado del canal y control sobre las costas marítimas. El gobierno de Marroquín apoyó el tratado pero el Congreso de la república lo rechazó, lo que desató la furia del gobierno Americano quien decidió apoyar a Panamá en sus intenciones independentistas y proclamó el 3 de Noviembre de 1903 la independencia oficial del Istmo de Panamá, mediante carta de notificación a la Cancillería Colombiana, ubicando buques de guerra en territorio Panameño a fin de evitar un respuesta militar de Colombia. Marroquín Ricaurte respondió a sus críticos con motivo de la separación de la siguiente manera: "¿Y qué más quieren? Me entregan una república y yo les entrego dos."
La separación de Panamá de Colombia fue un hecho ocurrido el 3 de noviembre de 1903, después de la Guerra de los Mil Días, y que desencadenó la proclamación de la República de Panamá.
El istmo de Panamá fue parte integral de todas las formas de organización política y territorial que tuvo la República de Colombia desde 1831 hasta 1903, con alrededor de diecisiete intentos de secesión y cuatro separaciones consumadas durante el siglo XIX.
Para la historiografía panameña, la proclamación de la República de Panamá fue el resultado de un proceso nacionalista y autonomista que se vino construyendo desde finales del siglo XVIII, y que concluyó con la separación de Panamá de Colombia. En cambio para la historiografía colombiana, la secesión de Panamá, constituye un atentado contra la integridad político-territorial de Colombia, que fue ideado por los Estados Unidos en asociación con la oligarquía istmeña de la época.