Cómo organizo Mutis la labor de los criollos que lo ayudaban en el proyecto de el virreinado de la real expedicion botanica
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En el seno de la Expedición se formaron o perfeccionaron en las ciencias varios criollos ilustrados que actuaron como líderes del movimiento del 20 de julio de 1810. Sin embargo, no existen bases para plantear que Mutis haya albergado en su mente propósitos independentistas o que haya tenido nexos con la masonería, sociedad en la que se complotaba contra la monarquía. Para comunicarse con Carlos Linneo y con otros naturalistas suecos se valió de Bellman y de Juan Jacobo Gahn, cónsules de ese país en Cádiz; ellos sí pertenecían a las logias. Adicionalmente los sediciosos que fueron expatriados y estuvieron detenidos en Cádiz mantuvieron contactos con las logias de esa ciudad, así como con las de París y Londres donde buscaron apoyo para su causa. Ejemplos de ello son Antonio Nariño, Sinforoso Mutis y Francisco Antonio Zea. No fue propósito de Mutis preparar líderes políticos. Éstos se formaron sin su ayuda, pero sí a la sombra de su biblioteca y de los ideales de la ilustración. La Expedición no fue abrigo de complotados; las ideas de emancipación se ventilaban en el seno de las tertulias literarias y en las aulas de los colegios mayores, no en los gabinetes de la Casa de la Botánica. El Observatorio Astronómico de Santafé, dependencia de la Expedición, sí se utilizó como sitio de reunión por los complotados, pero año y medio después de la muerte de Mutis.
La confiscación de los materiales acopiados por la Expedición no tiene relación con el movimiento de emancipación. Tales materiales, atesorados cuidadosamente durante tres décadas, sí fueron empacados en forma precipitada y llevados rápidamente a España por orden de Sámano, pero no como una represalia en contra de los complotados, sino por iniciativa de Pascual Enrile y para complacer a su amigo Mariano Lagasca, director del Real Jardín Botánico de Madrid, quien le había sugerido tratase de recuperar ese patrimonio. Esto explica el porqué los avezados militares llegaron a la capital preguntando por los materiales de la expedición, y por qué una de sus primeras órdenes fue la de empacar y enviar todo a Madrid con celeridad.
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