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Se muestra desde 3 ángulos diferentes cómo los factores de transcripción se acoplan sobre una región promotora del DNA, situada al comienzo de un gen. Las regiones promotoras se caracterizan por una secuencia de bases del DNA que incluye la repetición TATATA y por ello se llama la "caja TATA".
A la caja TATA se une el factor de transcripción TFIID (amarillo oscuro) que marca el punto de unión de la RNA polimerasa y de los factores de transcripción asociados. En el centro de TFIID está la subunidad "proteína ligante de TATA" (TBP), que reconoce y se une a la caja TATA. Esta firme unión provoca una flexión de 90° en la molécula de DNA, flexión que se cree actúa de señal física indicando el comienzo de un gen.
Un complejo proteico mediador (violeta) llega portando la enzima RNA polimerasa II (azul verdoso) y la coloca en el lugar adecuado. Llegan también otros factores de transcripción (TFIIA y TFIIB - pequeñas moléculas azules) y se sitúan en posición. A continuación, llega el factor TFIIH (verde), una de cuyas funciones es separar las dos hebras del DNA (mediante una actividad helicasa) para permitir que la RNA polimerasa acceda a las bases del DNA.
Finalmente, el complejo de iniciación debe contactar con proteínas activadoras, que se unen a secuencias específicas del DNA conocidas como regiones potenciadoras. Éstas pueden estar ubicadas a miles de pares de bases de distancia respecto al complejo de inicio. El subsiguiente plegamiento de la región potenciadora/proteína activadora para establecer contacto con el complejo de inicio recuerda en esta animación a la cola de un escorpión.
La proteína activadora dispara la liberación de la RNA polimerasa, que se desplaza entonces a lo largo del DNA transcribiendo el gen en un mRNA (hebra amarilla).