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Los gobiernos militares llevaron a cabo una política de reformas económicas conservadoras, como la reapertura de la industria de las minas de estaño a las inversiones privadas extranjeras. En julio de 1966 René Barrientos fue elegido presidente ya como civil. Sin embargo, se vio obligado a depender de los militares para poder enfrentarse a los movimientos guerrilleros que habían empezado a actuar en las regiones montañosas. En octubre de 1967 el Ejército boliviano anunció haber derrotado a los rebeldes en un lugar próximo a la aldea de Vallegrande. Había sido capturado en el campo de batalla Ernesto Che Guevara, siendo poco después ejecutado. Barrientos murió en un extraño accidente de helicóptero en abril de1969. Se sucedieron en el poder una serie de gobiernos de corta duración, la mayoría militares, y en agosto de 1971 el general Juan José Torres fue derrocado por un golpe de Estado encabezado por el coronel Hugo Banzer.
El régimen de Banzer viró rápidamente desde una posición relativamente moderada a una de mayor represión: suprimió el movimiento obrero, suspendió todos los derechos civiles y envió tropas a los centros mineros. En 1978 Banzer dimitió y una junta militar se hizo con el poder. A comienzos de la década de 1980 el fuerte crecimiento económico de la década anterior —que había sido sostenido por los altos precios del estaño en el mercado mundial— dio paso a la crisis. La caída del precio del mineral y la mala administración de los regímenes militares habían dejado a Bolivia con una inmensa deuda, una situación hiperinflacionaria y un descenso de los ingresos por exportaciones. La exportación ilegal de cocaína fue el principal recurso que le procuró divisas, por lo que Estados Unidos presionó al gobierno de Bolivia para que tomara medidas efectivas contra el tráfico de esta droga.
Enfrentada a problemas raciales y culturales, Bolivia ha conocido revoluciones y golpes militares. A principios de la década de los 80 fue derrocada la última junta militar que gobernaba el país para reinstaurar la forma de gobierno democracia.