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Según esta teoría las variaciones sobre las que actúa la selección natural se originan por mutación y se heredan como partículas individuales,los genes. Las mutaciones constituyen los cambios que se producen al azar en la composición genética de los individuos. Son originados dentro de los cromosomas, por lo que su transmisión será a través del ciclo reproductivo. Las mutaciones se presentan en un gen que ha sufrido algún tipo de transformación y, de esa manera, hacen que se forme un gen diferente.
*El ejemplo más conocido de esta teoría es la evolución de las jirafas según Lamarck. Las antiguas jirafas se alimentaban de arbustos y hojas bajas de árboles. En época de sequía,las hojas escaseaban y estiraban cada vez más su cuello y sus patas delanteras para alcanzar las hojas situadas a más altura.