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Los humedales son áreas que permanecen en condiciones de inundación o con suelo saturado con agua durante períodos considerables de tiempo. Si bien este término engloba una amplia variedad de ecosistemas, todos los humedales comparten una propiedad primordial: el agua es el elemento clave que define sus características físicas, vegetales, animales y sus relaciones.
El agua de los humedales puede provenir del mar, de los ríos, las lluvias o de napas subterráneas. El régimen hidrológico puede ser muy variable en cuanto a la frecuencia e intensidad de la inundación y permanencia del agua. Los humedales se distinguen también por las características particulares de sus suelos y por la presencia de plantas y animales adaptados a las condiciones de inundación o de alternancia de períodos de anegamiento y sequía. De esta manera, los humedales no son necesariamente transiciones entre los sistemas acuáticos y terrestres, sino que poseen características estructurales y funcionales propias, que los diferencian de unos y otros.
Los principales humedales identificados para esta Región son la Cuenca del Río Riachuelo, el Sistema del Iberá, el Río Uruguay, el Río Paraná, el Río Paraguay, el Río Iguazú y sus cataratas, el Delta Paranaense y el Río de la Plata.