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Explicación: Tras la victoria de los guayaquileños y bolivarianos, se esperaba la incorporación de Quito y Cuenca a la república guayaquileña, sin embargo, estas dos decidieron anexarse al proyecto bolivariano de la Gran Colombia mediante la firma de un acta el 29 de mayo. Bolívar y San Martín se reunieron en Guayaquil el 26 de julio para discutir entre otras cosas ratificar la anexión de Guayaquil a Colombia, y la colaboración en conjunto para finalizar y asegurar la independencia en América del Sur. Finalmente Guayaquil se integra a la Gran Colombia el 31 de julio.
Distrito del Sur de la Gran Colombia
De igual manera, el 12 de mayo del mismo año, el procurador general Ramón Miño dirigió un oficio al prefecto y comandante general Juan José Flores en la cual dejaba constancia la separación del Distrito del Sur. Flores aprobó la convocatoria a una asamblea popular al día siguiente en los salones de la Universidad Santo Tomás en Quito, en la cual se redacta el acta de creación del Estado del Ecuador y confiere el rango de mandatario provisional al general Flores.
Juan José Flores
Tras la fundación del Ecuador se convoca a una Asamblea Constituyente en Riobamba nombra a Flores presidente provisional del país el 14 de agosto de 1830, siendo el 22 de septiembre de 1830 oficializado en el cargo convirtiéndose así en el primer presidente mientras que José Joaquín de Olmedo, expresidente de Guayaquil, tomaba la vicepresidencia, pero dimitió en 1831 al cargo, siendo reemplazado por Modesto Larrea y Carrión . Para 1834, José Félix Valdivieso se nombra Jefe Supremo en la Sierra al igual que la Revolución de los Chihuahuas nombra a Vicente Rocafuerte jefe en Guayaquil, pero este es hecho prisionero por Flores, pero ante la situación tuvieron que pactar para acabar con la crisis en el país y derrotar a Valdivieso acusándolo de intentar integrar el Ecuador a Nueva Granada para restaurar la Gran Colombia.
Gobierno de Rocafuerte
El jefe supremo Vicente Rocafuerte llama a una nueva Convención Nacional, liderada por el exvicepresidente Olmedo, con motivo de crear una nueva constitución que cambió el nombre oficial del país a "República del Ecuador" a la vez que instauró un sistema legislativo bicameral. Rocafuerte es nombrado presidente constitucional el 8 de agosto de 1835.
Segundo gobierno de Flores
El 15 de enero de 1839 el Congreso nacional nombró presidente al general Juan José Flores, vicepresidente a don Francisco Aguirre. Flores se había preocupado de prepararse adquiriendo conocimientos y cultura durante los cuatro años del periodo de Rocafuerte. Salió el primer barco fabricado en los astilleros de Guayaquil. Pronto se cansó de la labor constructiva y seria se enredó en un conflicto interno de Colombia, causándole perjuicios al Ecuador, perdiendo hombres y muchos recursos económicos, tratando de ayudar a sofocar una revolución contra el militar Herran.
Tercer gobierno de Flores
Del 1 de abril de 1843 al 6 de marzo de 1845. Esta misma Asamblea Constituyente que dictó la Carta de la Esclavitud, nombró a Flores Presidente del Ecuador por tercera vez, con el fin de perpetuarse en el poder. Más tarde en la hacienda la Virginia de propiedad de Olmedo se celebró una entrevista entre los dos bandos, de Flores y los marcistas, y se firmaron dos tratados dando algunas garantías a Flores, respetando su condición de fundador de la República.
Poder ejecutivo
El presidente de la república se encontraba a cargo del ejecutivo, teniendo la capacidad de nombrar a los ministros de estado, así como también a los gobernadores de las provincias y, hasta 1835, a los prefectos de los departamentos. Este organismo servía para la regular el poder presidencial en su papel de nombrar tanto miembros del poder judicial y despedir a funcionarios públicos.