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La idea general es que la incorporación del ancestro bacteriano fue por fagocitosis, pero en este modelo el tráfico vesicular y por tanto la fagocitosis se desarrollaron después de la incorporación del ancestro de la mitocondria. La incorporación de un procariota dentro de otro procariota no es un gran problema porque hoy en día hay ejemplos de procariotas endosimbiontes de otras procariotas, que han ocurrido por mecanismos diferentes a la fagocitosis. Además, algunas proteínas necesarias para la formación de compartimentos de endocitosis o fagocitosis, como la dinamina, tienen homólogos en las bacterias pero no en las arqueas.
Generar una célula con tal complejidad de membranas, con citoesqueleto, flagelos, etcétera, requeriría mucha energía. Por eso la teoría protoeucariota or aqueozoa de la generación autógena del sistema de endomembranas podría haber sido muy difícil sin tal fuente de energía. Tal complejidad requiere una cantidad enorme de proteínas y aproximadamente el 75 % del gasto energético de una célula eucariota se consume en la síntesis de proteínas.
Un dato curioso es qué paso con la sistema de producción de ATP de la arquea. Las células procariotas son capaces de producir ATP en su membrana plasmática gracias a las proteínas ATPasa. Pero una vez incorporada una bacteria en su interior, con su propia ATPasa y con una capacidad de producción energética mucho mayor, la ATPasa arqueana pasó del membrana plasmática al sistema de endomembranas y se estableció en el compartimento endosomal/lisosomal/vacuolar para funcionar de manera contraria: gastar ATP para transportar protones y acidificar tales compartimentos, permitiendo así la digestión intracelular.