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El beneficio de la permutación cromosómica se relaciona con el aumento en las posibilidades de adaptación, pues el surgimiento de nuevas variables combinatorias puede significar la aparición de nuevas características fenotípicas que pueden, dependiendo de las condiciones ambientales, ser favorables o desfavorables.
Por la aleatoriedad inducida por el fenómeno de la permutación cromosómica las poblaciones humanas son considerablemente diversas, y es que, con muy pocas excepciones, no hay dos individuos idénticos, aunque hayan sido concebidos por los mismos padres.
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La permutación permite evidenciar la separación de cada par de cromosomas homólogos y su comportamiento independiente durante el proceso de meiosis.
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