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El proceso de eliminación es simplemente la expulsión de los residuos de la digestión, las heces, del tracto digestivo. La formación de heces es la función principal del colon. El acto de expulsar las heces se denomina defecación; ésta es un reflejo desencadenado por la estimulación de los receptores de la mucosa rectal. El recto suele estar vacío hasta que el peristaltismo de masa traslada el material fecal del colon al recto. Esto distiende el recto y produce el deseo de defecar. También estimula el peristaltismo colónico e inicia el reflejo de relajación del esfínter interno del ano. Como consecuencia del deseo de defecar, pueden realizarse los esfuerzos voluntarios de tensión y relajación del esfínter anal externo. Nótese que se trata de un reflejo que sólo está en parte bajo el control voluntario. Si se inhibe voluntariamente, los receptores rectales empiezan pronto a deprimirse y la urgencia de defecar se pospone hasta horas después, cuando actúe nuevamente el peristaltismo de masa.
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