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De Graaf (familia De Graeff)1 nació en Schoonhoven. Estudió medicina en Utrecht y Leiden. Allí, sus compañeros de clase fueronJan Swammerdam, Niels Stensen y Frederik Ruysch, uno de sus profesores fue Franciscus Sylvius (todos ellos estaban interesados en los órganos de la procreación).
Presentó su tesis doctoral sobre el páncreas, y viajó a Francia, donde obtuvo su grado médico de la Universidad de Angers. En París se dedicó al estudio de los genitales masculinos.
De vuelta en los Países Bajos en 1667, de Graaf se estableció en Delft. De Graaf era un católico en un país mayoritariamente protestante, lo que le dificultó poder conseguir trabajo en la universidad local. Tras la temprana muerte de un hijo, de Graaf, murió en 1673 a los 32 años y fue enterrado en la Oude Kerk en Delft. Unos meses antes de su muerte, De Graaf había recomendado a la Royal Society de Londres, que se prestase atención a Anton van Leeuwenhoek y su trabajo sobre la mejora del microscopio.