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La imponente ciudadela de Machu Picchu habría sido construida por los Incas a mediados del siglo XV por órdenes del emperador Pachacútec, durante la época de expansión del imperio incaico.
El imperio de los Incas, o Inkas, como también se les conoce, se estableció en Cuzco, aproximadamente en el año 1200 d. C. Existen dos famosas leyendas en torno al origen del imperio; una es la leyenda de Manco Cápac y Mama Ocllo, y otra es la de los cuatro hermanos Ayar. Ambas leyendas señalan a Manco Cápac como fundador y primer gobernador de la dinastía. Sin embargo, el imperio no se constituiría como tal hasta la época de Pachacútec, probablemente el más importante emperador Inca. Pachacútec lograría la expansión del entonces señorío Inca, logrando establecer el poderoso imperio del Tahuantinsuyo, el cual llegaría a abarcar cerca de 2 millones de kilómetros cuadrados. Sería bajo su reinado que se construiría la ciudadela de Machu Picchu.
Tras la caída del imperio Inca a manos de los conquistadores españoles, la ciudadela habría sido deshabitada. Los especialistas no se han puesto de acuerdo con respecto a la situación de Machu Picchu durante la época colonial. Mientras algunos afirman que los españoles tenían conocimiento de la ciudadela, otros sostienen que nunca fue encontrada. Lo cierto es que su existencia sería sólo conocida por los habitantes locales hasta el año en que el historiador estadounidense Hiram Bingham las encontrara y las expusiera al mundo entero. Con la ayuda de la Universidad de Yale, la National Geographic Society y el gobierno Peruano, Bingham iniciaría trabajos arqueológicos en la zona desde el año 1912 hasta el 1915, periodo en el que se retiraría la espesa maleza que cubría las ruinas y se descubrirían numerosas tumbas de los habitantes de la ciudadela.