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El proceso de interacción entre la vegetación y su medio ambiente físico ha sido constante durante la evolución de la tierra. Así, las concentraciones de oxígeno (O2) y dióxido de carbono (CO2) han variado a lo largo de las diferentes eras geológicas, en parte debido a la actividad de los organismos fotosintéticos. Durante la aparición de las Cianobacterias, la presencia de O2 en la atmósfera era muy escasa mientras que la concentración de CO2 era unas 100 veces mayor que la actual. La fotosíntesis produjo un aumento global de la concentración de O2 y disminución de la de CO2. La variación de la concentración de O2 y CO2 pudo dar lugar a presiones de selección a favor de moléculas de la enzima fotosintética Rubisco (ribulosa-1,5,-bisfosfato carboxilasa/oxigenasa) con una mayor afinidad y selectividad por el CO2. De hecho, existe cierta concordancia entre los niveles de CO2 y O2 en el momento de la aparición de los diferentes grupos vegetales presentes en la actualidad y su afinidad por el CO2. Sin embargo, la aparición de los mecanismos de concentración de carbono (cuya función es aumentar la concentración de CO2 en el entorno de la Rubisco para suprimir la fotorrespiración) debió ser anterior a la disminución del CO2 y el aumento del O2. Variaciones locales en la concentración de estos gases, con independencia de sus valores globales podrían explicar este hecho. Por lo tanto, la importancia del microambiente en la evolución de los organismos fotosintéticos cuestiona una aproximación global al problema del denominado cambio climático.