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Punnett nació en Tonbridge, en Gonville and Caius College, de laUniversidad de Cambridge, donde fue para inicialmente estudiar Medicina, pero se graduó en Zoología en 1898. Fue uno de los padres de la herencia genética.
Con William Bateson, Punnett ayudó al establecimiento de la Genética como una nueva ciencia en Cambridge. Juntos descubrieron el fenómeno de ligamiento, una auténtica excepción a las leyes de Mendel.
A Punnett se le debe el honor de haber creado el cuadro de Punnett, una herramienta genética aun empleada hoy en día para predecir las proporciones de los genotipos y fenotipos de la descendencia. Se trata de una tabla de doble entrada que representa cómo se realizan las combinaciones aleatorias de los alelos parentales en su descendencia.
En 1908, incapaz de entender por qué un alelo dominante no hace desaparecer a un recesivo en una población, le preguntó al matemático G.H. Hardy mientras jugaban al cricket. Hardydesarrolló el modelo de la ley de Hardy-Weinberg, de forma independiente.