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Cuando los primeros organismos unicelulares fueron descubiertos por Antoine van Leeuwenhoek en 1674, fueron ubicados en uno de los dos reinos de los seres vivos, de acuerdo con sus características. Siguió así hasta 1866, cuando Ernst Haeckel propuso un tercer reino de la vida, al que llamó Protista, e incluyó todos los organismos unicelulares en él.
Más tarde, el desarrollo de microscopía óptica y electrónica mostró diferencias importantes en las células, principalmente de acuerdo con la presencia o ausencia de núcleos distintos, lo que llevó a Édouard Chatton a distinguir organismos en procariotas (sin un núcleo distinto) y eucariotas (con un núcleo distinto) en una papel de 1925. Basado en él, Copeland propuso un sistema de cuatro reinos, moviendo organismos procarióticos, bacterias y "algas verdeazuladas" al reino de Monera. La idea de un ranking sobre el reino vino de este tiempo y así la vida se separó en dos imperios o supergananzas, Prokaryota (Monera) y Eukaryota (Protista, Plantae, Animalia).
Desde Haeckel, la posición de los hongos no estaba bien establecida, oscilando entre los reinos Protista y Plantae. Entonces, en 1969, Robert Whittaker propuso un quinto reino para incluirlos, el llamado Reino Fungi. Este sistema de cinco reinos se mantuvo constante por algún tiempo; Monera eran procariotas; Las plantas eran autotrofos multicelulares (productores); Consumidores de Animalia multicelulares; y Fungi saprótrofos multicelulares (descomponedores). Protista era como la bolsa de basura, donde todo lo que no encaja en los otros 4 reinos fue colocado.
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