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Con el paso del tiempo, las boticas se fueron estableciendo en accesorias de las casas recién construidas, adaptando a su conveniencia los reglamentos que llegaron de la península. La tarea del boticario alcanzó una posición que para ejercerla era necesario contar con conocimientos en materias como la física, química y biología. Posteriormente con dichos estudios la gran mayoría obtenía la licencia para establecer una botica y ejercer su profesión.
Ante el surgimiento de las boticas, el emperador Carlos V fundó en 1538 cátedras de medicina en las universidades recién establecidas en las Indias, con el fin de intercambiar y aportar conocimientos con “la noticia, la comunicación y comercio de algunas plantas, hierbas, semillas y otras cosas medicinales” (Losana, 1994: 128). Asimismo, ordenó a las autoridades que realizaran visitas periódicas para controlar la elaboración de medicinas, el cultivo de plantas medicinales y la inspección de boticas (ibid.), pero en múltiples ocasiones las hicieron personas totalmente ajenas a esta disciplina, como miembros de los cabildos o concejos.