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Las moléculas se pueden clasificar en:
Moléculas discretas, constituidas por un número bien definido de átomos, sean estos del mismo elemento (moléculas homonucleares, como el dinitrógeno o el fullereno) o de elementos distintos (moléculas heteronucleares, como el agua).
Molécula de dinitrógeno, el gas que es el componente mayoritario del aire
Molécula de fullereno, tercera forma estable del carbono tras el diamante y el grafito
Molécula de agua, "disolvente universal", de importancia fundamental en innumerables procesos bioquímicos e industriales
Representación poliédrica del anión de Keggin, un polianión molecular
Macromoléculas o polímeros, constituidas por la repetición de una unidad comparativamente simple -o un conjunto limitado de dichas unidades- y que alcanzan pesos moleculares
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