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En el territorio que actualmente ocupa Guadalajara en el Valle de Atemajac; han sido hallados pocos elementos fosilizados pero, por ser la capital del Estado, guarda en el Museo de Paleontología y en el Regional de Guadalajara, una muestra de lo que corresponde a la época prehistórica. Dentro de los objetos que han sido hallados se encuentran fragmentos de cráneos humanos y restos de animales, así como otros objetos de hueso, barro, etc., entre ellos: puntas de lanza, raspadores, punzones; y otros, trabajados con obsidiana. Es posible que, por tener el Valle de Atemajac un clima agradable y abundante agua, la vida de los nómadas se hiciera más fácil en el camino para descubrir la agricultura y, con ello, comenzar a formarse grupos sedentarios.
Época prehispánicaLos principales grupos indígenas de Jalisco, fueron los coanos, tecuexes, cocas y cazcanes. Estas etnias tuvieron una religión y sus respectivos dioses ante los que se rendían. Igual que en México Tenochtitlan, con sus propias expresiones, se adoraba a Huitzilopochtli primero, y a Quetzalcóatl, a Xipetótec, a Tláloc, a la diosa Tonan, y muchos más, para quienes se hacían sacrificios humanos. La forma de gobierno entre aquellos pueblos no era igual para todos, sino que cada lugar escogía su manera de gobernarse.
Propiamente en el centro del Valle de Atemáxac, en el cual se encuentra hoy la ciudad de Guadalajara, no había gente viviendo, sólo había en los alrededores, como los tecuexes que habitaron Mezquitan y Tonallan (hoy Tonalá), el reino más importante de la región.
No obstante, al hacer las excavaciones para el estacionamiento que está bajo la explanada frente al templo Expiatorio, se encontraron algunos materiales arqueológicos, que pueden ser el principio de alguna novedad interesante.
Hacia el Este existía Tonallan, y otro pueblo nombrado Tetlan (Tetlán). De igual modo, en los extremos del Valle, se encontraban las cabeceras de Zapopan, Atemajac, Zoquipan, Tesistán, Coyula y Huentitán. Éstas tenían su propio idioma, cultura y religión. En cuanto al culto religioso, fueron siempre parecidas entre ellas en toda Mesoamérica.
La fundación de GuadalajaraLa fundación de la ciudad de Guadalajara, estuvo a cargo de los españoles, la conquista de Jalisco empezó por el Sur del Estado. Cristóbal de Olid entró en 1522 por Mazamitla y Tamazula. En 1524 Hernán Cortés envió a su primo Francisco Cortés de San Buenaventura, a conocer la costa y buscar metales preciosos; y a Alonso de Ávalos, quien conformara lo que conocemos como Provincias de Ávalos.
Pero fue hasta marzo de 1530 cuando el conquistador del hoy Jalisco, Nuño Beltrán de Guzmán, entró por el rumbo de La Barca hacia Tonallan, donde fue recibido por la cihualpilli, (la reina) de nombre Tzapotzintli.