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Durante el siglo XIX, se vivió un clima de exclusión política que desencadenó nueve guerras de carácter nacional entre ellas están la guerra de 1830, Guerra de los Supremos, la guerra civil de 1851, la de 1854, 1860, 1876, 1885, 1895 y la Guerra de los Mil Días; varias regionales, con diversas connotaciones: hegemónicas, centradas en la lucha por el poder; así mismo, se presentó una lucha interna entre los partidos liberal y conservador, por otro lado, las de carácter civil, fundamentadas en la defensa de un interés político. Para el caso de la Guerra de los Mil Días, Miguel Antonio Caro manifiesta un interés por perpetuarse en el poder, situación que provoca un descontento que se suma al malestar social tanto en las élites como en los sectores populares.
El gobierno del Partido Nacional en cabeza del presidente Manuel Antonio Sanclemente, quien fue derrocado el 31 de julio de 1900 por José Manuel Marroquín Ricaurte, representante del Partido Conservador, en alianza con el liberal Aquileo Parra; a partir de entonces, y a pesar de dicha alianza, la guerra continuaría entre liberales y conservadores históricos. Esta guerra se caracterizó por un enfrentamiento irregular entre el ejército gubernamental bien organizado y un ejército de guerrillas liberales mal entrenado y anárquico.
El conflicto tuvo como resultado la devastación económica de la nación, más de cien mil muertos, la desaparición del Partido Nacional y el estado en que quedó el país tras el conflicto, las consecuencias sociales que pronto dieron pie para la posterior separación de Panamá (que en ese entonces era uno de los departamentos de Colombia) en noviembre de 1903. El brusco cambio provocado por la derogación de la Constitución de Rionegro de 1863 (que reforzó el modelo federal) por la centralista Constitución de 1886 (establecida bajo el mandato de Rafael Núñez), además de los violentos intentos de cooptación de los conservadores históricos a través de Marroquín, como los intereses liberales de retomar el poder, fueron las principales causas de la guerra.
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