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En la actual Colombia, como en toda América Latina, la Iglesia estuvo sujeta al Estado y sirvió a sus propósitos, durante toda la Época Colonial y parte del siglo XIX. Por ello, se encargó de fundar y dirigir colegios para la educación de las élites criollas (San Bartolomé, El Rosario y la Universidad de Santo Tomás), crear y sostener hospitales, ayudar en la burocracia colonial y en general, servir de instrumento de control y cohesión social.
A fines del siglo XVIII, con las reformas borbónicas comienza a resquebrajarse este esquema, en especial en el aspecto educativo. Se cuestionó por primera vez la utilidad del sistema escolástico empleado hasta entonces, y se procura una implantación progresiva de programas educativos de tinte ilustrada.
En la Época de Independencia, el clero se dividió entre los que apoyaban al rey (realistas) y los que preferían la independencia absoluta (patriotas). El alto clero (obispos y dignatarios) prefirieron apoyar a los primeros, mientras que curas de parroquia y buena parte de los religiosos, a los segundos. Las investigaciones apuntan a que el papel desempeñado por el clero en la Independencia fue decisivo, pues contribuyó a la movilización y reclutamiento de personas (debido a su notable influencia en las gentes); llegaron incluso a servir como capellanes y jefes militares.
Existe una fuerte y marcada influencia del catolicismo sobre la opinión pública y hasta en asuntos gubernamentales. La Iglesia Católica hace presencia en diferentes ámbitos e instituciones nacionales entre las que cabe destacar:
Las Fuerzas Militares y de Policía. Cuentan con capellanías católicas; el Obispado Castrense de Colombia sirve de manera exclusiva en forma de Diócesis personal, al personal activo y retirado y a sus familiares de las Fuerzas Armadas Colombianas (Ejercito Nacional, Fuerza Aérea y Armada nacional) y la Policía Nacional.La Nunciatura Apostólica, es decir la embajada de la Santa Sede en el país.El alto grado de fieles de esta iglesia dentro de la población total del país, alrededor del 90% se definen como católicos.La entrega de terrenos oficiales o públicos para la construcción de templos católicos.El Concordato con la Santa Sede existe y está vigente desde 1886; a pesar de tener carácter de "tratado internacional perfeccionado", la Corte Constitucional declaró inexequibles algunas de sus disposiciones en 1993.1 La Conferencia Episcopal Colombiana se manifestó en contra dos semanas después.2La proporción de católicos en el país hace que se vuelva común hacer referencia a la población y a la jerarquía católicas simplemente como "la Iglesia".