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Según la conocida periodización de George Basalla, la ciencia colonial se caracteriza por la existencia de modestos grupos de científicos, cuyas actividades responden a programas diseñados en la metrópoli y cuyos resultados son procesados por instituciones puestas al servicio de los intereses metropolitanos. En la época de la Ilustración, la situación en América es más compleja, pues si bien los proyectos científicos más importantes parten de la iniciativa oficial y si bien la institucionalización de dichos proyectos dependen igualmente de las autoridades virreinales, también es cierto que los ilustrados criollos van a desarrollar desde ese punto de partida propuestas de investigación que permitirán poner las bases de una ciencia independiente al servicio de las nuevas nacionalidades alumbradas por la emancipación. Una parte de esta ciencia colonial fue producto de la labor de sabios españoles instalados en América. Es el caso de Fausto Delhuyar, de Andrés Manuel del Río o de Miguel Constansó en México, así como el de José Celestino Mutis y Juan José Delhuyar en Nueva Granada o el del solitario Félix de Azara en el Río de la Plata. En contrapartida, aunque no en la misma medida, fueron muchos los científicos criollos que desarrollaron una parte de sus actividades en la metrópoli, bien porque la tomaran como escala obligada en su aprendizaje, bien porque fueran llamados (como en el caso de tantos otros protagonistas de la Ilustración regional española) a desempeñar cargos al frente de instituciones oficiales, como ocurrió con el peruano Francisco Dávila (primer director del Gabinete de Historia Natural), el neogranadino Francisco Antonio Zea (nombrado director del Jardín Botánico de Madrid), o el mexicano José Mariano Mociño, uno de los directores de la Expedición Botánica de Nueva España, que pasó a Madrid, donde desempeñó la dirección del Gabinete de Historia Natural y la presidencia de la Academia de Medicina.
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