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Se pueden establecer distintas clasificaciones: 1) Atendiendo a la fuente externa de carbono que utilizan: a) Autótrofos; b) Heterótrofos; 2) Atendiendo a la fuente externa de energía: a) fototrofos o fotoergónicos; b) quimiotrofos o quimioergónicos; 3) Atendiendo a la fuente externa de poder reductor para el metabolismo redox: a) litotrofos; b) organotrofos; 4) Atendiendo al aceptor final de los electrones en el metabolismo redox: a) aerobios; b) anaerobios. En la naturaleza se dan todas las posibles combinaciones de estos tipos de metabolismo, sobre todo en los distintos grupos de bacterias.
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