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Esta sección tratará sobre la historia de la clasificación de la vida actual, basada en filogenia, la apreciación de los grupos que la forman de forma crítica basada en conceptos de evolución biológica, y finalmente la ubicación de los grupos en imperios y reinos.
A lo largo de la historia se han hecho grandes avances en el conocimiento de los grupos ancestrales y derivados de la vida, aunque algunas modas, actitudes y dogmas han dominado la visión de la clasificación muchas veces más que los méritos científicos que lo justificaran.
La clasificación de los organismos vivos puede apreciar dos situaciones evolutivas contrapuestas: por un lado, la estasis de los planes corporales, que se mantienen inalterables por miles de millones de años, por otro lado, la evolución de los caracteres, en que se observa que ni la velocidad de la evolución ni el modo en que evolucionan son uniformes. Los planes corporales que deciden la división de la vida en reinos poseen en su origen una transformación evolutiva significativa, que tiene poco que ver con las condiciones adaptativas locales o el momento en que fue originada, a la que sigue una esperable rápida evolución de los caracteres que deben adaptarse al nuevo cambio, seguido de un período de estabilidad o estasis que ya lleva miles de millones de años. La estabilidad se explica por la selección purificadora/estabilizadora de los planes corporales y las restricciones construccionales. En la evolución de varios linajes significativos se observa un progreso hacia formas cada vez más complejas de planes corporales, que se explican por restricciones construccionales para volver a planes corporales más simples, y restricciones filogenéticas, históricas, del material que es punto de partida de la evolución en cada momento.
Se discute el origen evolutivo de la vida (abiogénesis), el lugar de las arquebacterias en la evolución de las bacterias, el origen de los eucariotas y las transformaciones evolutivas que dieron origen a los reinos reconocidos de eucariotas.
Se plantea la discusión entre los taxónomos acerca de si es conveniente una clasificación cladista (basada en grupos monofiléticos) o evolucionista (basada en grupos mono o parafiléticos con alto grado de cambio evolutivo).
Se discute la clasificación en reinos, si son necesarios más reinos y cuáles son necesarios, y si es conveniente dividir a la vida en 3 dominios.