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Las casas de contratación o lonjas eran establecimientos destinados al control de la actividad comercial, el tránsito de personas y expediciones entre España y América. Registraban todas las mercaderías que circulaban entre España y América e intervenían en los juicios comerciales.
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La Casa de Contratación tuvo atribuciones políticas especialmente en el orden fiscal, jugó un papel importante en el ramo de la administración comercial y judicial y, además, se constituyó en un impulsor poderoso para el estudio de la geografía americana y de la ciencia náutica de la época. Para el cumplimiento de las citadas atribuciones se fueron agregando, a lo largo del siglo XVI, una serie de nuevas normas a las ya establecidas en 1503.
Entre 1510 y 1511 las funciones de este organismo adquirieron una mayor especificidad en cuanto a la organización de expediciones colonizadoras, revisión de las naves, vigilancia sobre las mercancías y supervisión de los bienes de personas fallecidas en América.
También se encargó a la Casa la inspección y orientación de los emigrantes al Nuevo Mundo, de modo que no pasasen a Indias "individuos indeseables" (judíos y moros, entre otros).
El cometido más conflictivo de la Casa de Contratación, en cuanto a sus competencias, fue la intervención en los temas judiciales, pues se confundía con las jurisdicciones otorgadas a las Audiencias americanas y al Consejo de Indias, creado en España en 1524. En 1539 se dictaron las ordenanzas que fijaron la injerencia de la Casa en materia judicial reservándole las causas civiles y las derivadas del tráfico comercial con las colonias.
Esta institución mantuvo también atribuciones hacendísticas a través de la cobranza y administración de determinados gravámenes sobre el tráfico marítimo. Por ejemplo, la avería fue un impuesto, vigente desde 1518, destinado a sufragar los gastos originados por el mantenimiento de buques de guerra en la ruta de Indias, para de esa manera proteger a los navíos mercantes que trasladaban las riquezas de América hacia la península.
Los aspectos científicos y náuticos de la navegación al Nuevo Mundo fueron una preocupación más de este organismo, interesado en conocer todos los detalles de los viajes y descubrimientos de ultramar. En 1508 se creó el cargo de piloto mayor, cuya misión consistía en preparar a los tripulantes para la dirección de navegaciones a Indias y examinar a todos aquellos que pretendiesen pilotar una nave rumbo a América. Especial interés tuvo la confección de cartas de marear con los nuevos territorios y rutas descubiertas; al igual que la fabricación y reparación de instrumentos náuticos. Como un paso más de esta labor capital, en 1552 se implementó la Cátedra de Cosmografía y Náutica que convirtió a la Casa en la primera y más importante escuela de navegación de la Europa moderna, resaltando el carácter científico de la misma.