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Esta exposición se ocupa de las relaciones entre la ciencia, la religión y la política desde el inicio de la Reforma de Lutero en 1517 hasta la época de la Ilustración, lo que en la historia política equivale al período que va desde la proclamación de Carlos V como emperador en 1520 hasta la Revolución Francesa. La Reforma protestante desata una etapa de turbulencias políticas, primero con las guerras de religión en Centroeuropa, Inglaterra, Francia y las persecuciones de la Inquisición en España y los estados italianos, que desemboca en la Guerra de los Treinta Años (1618-1648).
En esa época se desarrolla la ciencia moderna y el juicio y condena de Galileo por el Tribunal del Santo Oficio, debido a su defensa del heliocentrismo copernicano, es el episodio más conocido de las vicisitudes de la práctica científica causadas por las Iglesias y los Estados.