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Antes de la conquista española, el área de estudio se encontraba ocupada por pueblos indígenas que se dedicaban a actividades de caza, pesca, recolección de frutos y agricultura de subsistencia. En el siglo XVI se realizaron expediciones en busca de metales preciosos; estas expediciones contaban con amplios poderes, incluyendo la capacidad de trasladar colonos a la Región Amazónica.
La actividad de misioneros religiosos, especialmente los Jesuitas, dio origen a la creación de misiones. A fines del siglo XVIII y comienzos del siglo XIX, cuando los Jesuitas se retiran de la región, desaparecen muchos puestos avanzados de colonización, disminuyendo la presencia del poder central en estos territorios. En las décadas de 1880 a 1940, con las labores de extracción de caucho, se incrementó nuevamente el flujo colonizador, estableciéndose a orillas de los ríos Putumayo y Napo grandes haciendas agropecuarias, que proveían de arroz, ganado vacuno y otros alimentos a los caucheros.
Los conflictos armados en las fronteras con Perú en ese periodo ocasionaron la presencia de contingentes militares de avanzada, y la iniciación de conexiones viales de la Intendencia de Putumayo con el resto del país.
Hasta esa época el transporte y la colonización se realizaron sirviéndose de los ríos como única vía de comunicación existente. El grado de ocupación y explotación de los recursos naturales fue mínimo, causado en parte por las dificultades de comunicación y de acceso a las áreas consideradas como "baldías". Hoy en día, los indígenas aún conservan su estilo de vida y gran parte de su habitat natural.
La actividad petrolera reciente trajo consigo la construcción de una extensa red vial, lo cual atrajo a numerosos colonos de otras regiones que se fueron ubicando a lo largo de las vías. La creación de empleos estimuló la afluencia de inmigrantes hacia los centros poblados de la región.
En los últimos 20 anos la población aumentó aproximadamente de 53 000 habitantes en 1964 a 243 000 en 1986, crecimiento de casi 360% en 22 anos. La ocupación del espacio ha seguido un patrón similar, el cual se aprecia claramente al comparar las fotografías aéreas e imágenes satelitarias de la década del 60 con las más recientes.
En un estudio de imágenes satelitarias realizado por CLIRSEN (1987) en un área de 627 000 ha circundante a Lago Agrio, la superficie dedicada a las asociaciones de cultivos-pastos y pastos-bosques se incrementó de 110 170 ha en 1973 a 217 563 ha en 1985, es decir un crecimiento de 97%. Esta información se verifica aproximadamente con datos del Censo Agropecuario de 1974 y Encuestas Agropecuarias del MAG para toda la Provincia de Napo.
En la Intendencia de Putumayo en 1985 existían 21 086 ha de cultivos, según la URPA-Putumayo, y 126 085 ha de pastos de 1985, según el Diagnóstico Veredal de ICA y la Caja Agraria. Con estos datos se puede decir que en la actualidad en la región del Plan San Miguel Putumayo existen cerca de 70 000 ha de cultivos registrados y cerca de 250 000 ha de pastos, para una superficie de 320 000 ha bajo uso agropecuario.
La superficie intervenida, es decir adjudicada o en proceso de adjudicación, es bastante más extensa que la utilizada para explotación agropecuaria, principalmente en la Provincia de Napo. En esta provincia las adjudicaciones familiares se han realizado en unidades de alrededor de 50 ha, mientras a las comunidades indígenas se les adjudica lotes comunitarios con mayor extensión por familia.
En el caso de la Provincia de Napo, dado el corto periodo de ocupación, los campesinos tienen en producción solamente una fracción de su propiedad, que puede ir del 10% al 50%. En Putumayo el porcentaje desmontado es mucho mayor. En la región el área con intervención humana se ha estimado en 948 100 ha.
Gran parte de este movimiento colonizador y migratorio se ha dado de manera espontánea y sin ningún tipo de orientación técnica. Los colonos han llevado tecnologías inapropiadas, ocasionando un rápido deterioro de los recursos naturales y generando un bajo nivel de ingreso familiar.
La deforestación ha sido intensa, ya que en muchos casos la madera ha sido la principal fuente de ingreso durante los primeros anos de radicación, debido a la falta de crédito agropecuario y a la lentitud en la legalización de la tenencia de la tierra.
El rápido crecimiento poblacional no ha sido acompañado por la instalación de infraestructura y servicios básicos, ocasionando graves problemas, tanto en los centros poblados como en áreas rurales.
Los resultados de esta colonización desordenada y sin apoyo estatal son evidentes: acelerado crecimiento de los centros poblados, carencia de servicios básicos en los mismos, desplazamiento de las comunidades indígenas, tala indiscriminada de los bosques, erosión de los suelos, contaminación de los ríos, extinción de la fauna y disminución de la diversisdad biológico