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Alfredo nació en la ciudad de Ica en 1952, es hijo del matrimonio formado entre el hacendado algodonero Isaac Barnechea Mejía y Mercedes García Bustamante. Es nieto del latifundista vasco Justo Barnechea Gamba (llegado al Perú en 1872). Mientras que por línea de ascendencia materna, es sobrino-nieto de Enrique Bustamante y Ballivián, y sobrino-trastataranieto de los presidentes de Bolivia: José Ballivián y Segurola y Adolfo Ballivián Coll.
Cursó la educación básica regular en el Colegio San Vicente de Ica (1957-1967) y luego cursó Letras en laPontificia Universidad Católica del Perú (PUCP), en Lima, egresando en 1970.1 Tras ello, en 1990 realizó estudios de Posgrado en la Escuela de Gobierno John F. Kennedy de la Universidad de Harvard (Estados Unidos), obteniendo el título de Máster en Administración Pública y Gobierno