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Apenas un mes antes de ser derrotado, Túpac Amaru envió una carta a las autoridades coloniales en la que expresaba tanto su preocupación por la situación de sus protegidos como su posición ideológica. En dicha misiva se aprecia la amplitud de sus conocimientos; se declara católico, recuerda la acción de Vespasiano y de Tito en la destrucción de Jerusalén, y compara a sus opresores con "ateístas, calvinistas y luteranos, enemigos de Dios"; detalla los abusos cometidos por los funcionarios, pide que los indígenas no sean reclutados como esclavos y que desaparezcan los malos corregidores y las encomiendas. Tras una minuciosa denuncia en torno a cada uno de los problemas planteados, basa su reclamación de justicia en el derecho indiano, del que era profundo conocedor, ya que había cursado estudios jurídicos en la Universidad de Chuquisaca.
En la noche del 5 al 6 de abril de 1781, el ejército virreinal asestó el golpe definitivo a los sublevados en la batalla de Checacupe. Túpac Amaru II se retiró a Combapata, pero fue traicionado por el criollo Francisco Santa Cruz, que lo entregó a los realistas junto con su familia. Para el líder de los rebeldes estaban reservadas, en los días que mediaron entre su captura y su ejecución, las torturas mandadas ejecutar por el implacable visitador José Antonio de Areche, cuya misión consistía en averiguar los nombres de los cómplices del vencido caudillo. Sin embargo, pese a los pocos miramientos que tuvo para con el prisionero, no obtuvo de Túpac Amaru sino esta noble respuesta: "Nosotros somos los únicos conspiradores: Vuestra Merced por haber agobiado al país con exacciones insoportables y yo por haber querido librar al pueblo de semejante tiranía."