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Como parte de la seguridad democrática, durante el mandato de Uribe se buscó negociar con grupos ilegales como las FARC el ELN y las AUC. Los diálogos con las FARC y el ELN no tuvieron mayor consecuencia en el campo político pero se vio un incremento en la deserción de aquellos grupos al margen de la ley en parte debido a la política de desmovilización.
Con las (Autodefensas Unidas de Colombia) AUC se desarrolló una negociación con los cabecillas de dichas organizaciones lo que conllevó al proceso de desmovilización de paramilitares en Colombia que fue cuestionado por varios críticos que temían que las condiciones no fueran las suficientes para impedir que existiera un grado de impunidad en torno a materias como los crímenes contra la humanidad o el narcotráfico.
En junio de 2005, Clara López, dirigente del Polo Democrático Alternativo (PDA) denunció la presunta vinculación de congresistas con las AUC. A partir de ese momento se desató en Colombia una serie de investigaciones que comprometían a varios aliados políticos y a algunos funcionarios del gobierno Uribe con grupos paramilitares ilegales colombianos en lo que se denominó la "Parapolítica". Según las investigaciones varios dirigentes políticos se habrían beneficiado de estas alianzas por medio de la intimidación y la acción armada de los grupos paramilitares contra la población civil, algunos habrían presuntamente alcanzado cargos gubernamentales, como en el Congreso de la República y otros órganos estatales superiores.
Al mismo tiempo, durante el mandato de Uribe hubo notables hechos de masacres y desaparecimiento forzado por parte de grupos Paramilitares, por lo cual su gobierno fue varias veces acusado de haber sido "blando" con los paramilitares pues esto favorecía la lucha contra los grupos guerrilleros. Uribe consideró por su parte que la desmovilización de las AUC llevó a la totalidad de la cúpula de dicho organización a la cárcel.