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La flora es muy variada, pero dentro del clima frío, con bosques de pino y encino, pastizales y zonas de manglares.
La zona de marismas se destaca el manglar, con las especies mangle blanco (Laguncularia racemosa), mangle rojo (Rhizophora mangle), mangle negro (Avicennia germinans) y mangle botoncillo (Conocarpus erectus) y vegetación halófita compuesta por ejemplares de uniola Uniola pittieri, ojo de hormiga (Cenchrus echinatus), batatilla (Ipomoea pes-caprae) y verdolaga de playa (Sesuvium portulacastrum).
En cuanto al bosque tropical caducifolio, el mismo se compone de especies arbóreas de Bursera, chupandio (Cyrtocarpa), higuera (Ficus) y guayaba (Psidium).
En las zonas de matorrales espinosos abundan roble prieto (Ehretia tinifolia), mezquite (Prosopis juliflora), majahua (Hibiscus pernambucensis), bonduc (Caesalpinia bonduc), bejuco negro (Stegnosperma cubense) y Tournefortia densijhra.