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Teoría de la regresión celular: es posible que los virus fueran pequeñas células que parasitaban células más grandes. A lo largo del tiempo, desaparecieron los genes que no necesitaban a causa de su parasitismo. El ejemplo de estas bacterias parece apoyar esta teoría, pues es probable que su dependencia del parasitismo haya causado la pérdida de los genes que les permitían sobrevivir fuera de una célula. También se le llama teoría de la degeneración.
Teoría del origen molecular-celular, algunos virus podrían haber evolucionado a partir de fragmentos de ADN o ARN que escaparon de los genes de un organismo celular mayor. El ADN fugitivo podría haber provenido de plásmidos (fragmentos de ADN que pueden moverse entre células) o transposones. Éstos son moléculas de ADN que se multiplican y se mueven a diferentes posiciones en el interior de los genes de la célula.
Teoría de la coevolución: los virus podrían haber coevolucionado de complejas moléculas de proteínas y ácido nucleico, al mismo tiempo que aparecieron las primeras células en la Tierra, y habrían sido dependientes de la vida celular durante muchos millones de años. Los viroides son moléculas de ARN que no se clasifican como virus porque carecen de envoltura proteica. Sin embargo, tienen características comunes a diversos virus y a menudo se los llama agentes subvíricos. Los viroides son importantes patógenos de las plantas.
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