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Hola, tu planteamiento es muy interesante, y como bien dices la mitosis sólo genera células idénticas mientras que la meiosis genera células diferentes. Pero lo que probablemente no sabes, es que la diferenciación o especialización de una célula es absolutamente independiente de la mitosis o de la meiosis. La diferenciación es un proceso que tiene que ver con la expresión diferenciada de genes, y una vez que se lleva a cabo no puede volverse atrás. Por eso se habla de células totipotenciales, que pueden diferenciarse a cualquier tipo de célula, pluripotenciales, que pueden diferenciarse en unas cuantas, y unipotenciales, que sólo pueden generar un tipo de célula.
Es por esto que la respuesta a tu pregunta es que en el cigoto se realiza mitosis, la cual sirve nada más que para incrementar el número de células, que en este caso son totipotenciales. Éstas células se irán diferenciando y a la vez aumentando en cantidad mediante mitosis, y así se va generando un organismo. Pero siempre la mitosis generará sólo 2 células idénticas a la original, y la diferenciación ocurrirá mediante expresión de distintos genes.
En cuanto a la meiosis, ésta sólo la realizan las células sexuales (reproductivas), y si bien es cierto que las células resultantes tienen una recombinación genética respecto a la original, tienes que tener siempre en cuenta que el resultado final de una meiosis son 4 células haploides, es decir con la mitad de la dotación genética, y por ende la meiosis no sirve para ''multiplicar'' y hacer crecer un organismo, y mucho menos diferenciarlo.
Espero te haya quedado claro y ya no estés confundida. Saludos! un placer ayudarte.