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El conflicto tuvo como resultado la devastación económica de la nación, más de cien mil muertos, la desaparición del Partido Nacional y el estado en que quedó el país tras el conflicto, las consecuencias sociales que pronto dieron pie para la posterior separación de Panamá (que en ese entonces era uno de los departamentos de Colombia) en noviembre de 1903. El brusco cambio provocado por la derogación de la Constitución de Rionegro de 1863 (que reforzó el modelo federal) por la centralista Constitución de 1886 (establecida bajo el mandato de Rafael Núñez), además de los violentos intentos de cooptación de los conservadores históricos a través de Marroquín, como los intereses liberales de retomar el poder, fueron las principales causas de la guerra.