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El proceso inicial en la fotosíntesis es la descomposición del agua (H2O) en oxígeno liberado e hidrógeno; para este proceso se requiere luz directa. El hidrógeno, el carbono y el oxígeno del dióxido de carbono (CO2) son entonces convertidos en una serie de compuestos cada vez más complejos que resultan finalmente en un compuesto orgánico estable, glucosa (C6H12O6) y agua. Esta fase de la fotosíntesis utiliza la energía almacenada y por lo tanto puede producirse durante la oscuridad. La ecuación simplificada utilizada para representar este proceso global es 6CO2+12H2O+energía = C6H12O6+6O2+6H2O. En general, los resultados de este proceso son inversos a los de la respiración de los mamíferos, en la que los carbohidratos se oxidan para liberar energía, con la producción de dióxido de carbono y agua.
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La fase clara se le dice así ya que esta se realiza durante el día, esta se lleva a cabo en los tilacoides del cloroplasto, cuyos reactivos son el agua y la luz, y como producto sale el oxígeno. Y la fase oscura es la que que se realiza en la noche, esta se realiza en los estromas del cloroplasto, cuyos reactivos son el dióxido de carbono y como producto sale la glucosa.
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